Penggunaan di Zaman Moden

Pada tahun 1920-an, Ki Hajar Devantara memperkenal nama "Nusantara" ini bagi merujuk wilayah-wilayah yang berada dalam lingkungan Hindia Belanda (VOC). Nama ini dipakai sebagai salah satu alternatif kononnya kerana tidak mengandungi unsur bahasa asing seperti India. Alasan ini dikemukakan kerana Belanda sebagai penjajah di situ lebih menyukai istilah Indie yang bermaksud India. Hal ini tidak disukai kerana menimbulkan banyak kekeliruan dan kerancuan dengan sastera berbahasa lain.

Takrif ini jelas sekali berbeza dengan takrif pada abad ke-14 M. Pada tahap pengusulan ini, istilah tersebut bersaing dengan alternatif lain seperti Indonesie dan Insulinde (India Pulau). Istilah Insulinde itu diperkenal oleh Eduard Douwes Dekker. 

Penghujungnya, Indonesia ditetapkan sebagai rujukan kebangsaan bagi negara merdeka yang merupakan lanjutan dari Hindia Belanda (VOC) pada Kongres Pemuda II pada 1928. Istilah Nusantara ini tidak serta merta surut penggunaannya. Di Indonesia, ia masih digunakan sebagai kata seerti bagi Indonesia baik dalam pengertian antropogeografi mahu pun dari segi politik yang digunakan dalam konsep Wawasan Nusantara. 

Nusantara dan Kepulauan Melayu

Sastera-sastera akademik Eropah berbahasa Inggeris yang diikuti oleh sastera-sastera berbahasa lain kecuali bahasa Belanda menyatakan bahawa dari abad ke-19 sehingga ke pertengahan abad ke-20 M, wilayah kepulauan yang bermula dari Sumatera sehingga ke kepulauan Maluku atau kepulauan Rempah itu disebut sebagai Kepulauan Melayu (Malay Archipelago).

Istilah ini terkenal sebagai nama rujukan geografi setelah Alfred Russel Wallace menggunakannya untuk karya monumentalnya. Pulau Papua (New Guinea) serta sekitarnya tidak pula dimasukkan ke dalam konsep ini kerana penduduk aslinya bukan terdiri dari cawangan bangsa Mongoloid serta kebudayaannya pun berbeza. Jelas sekali bahawa konsep Kepulauan Melayu ini lebih bersifat antropogeografi. Pihak Belanda pula sebagai penjajah terbesar, lebih gemar menggunakan istilah Oost-Indische Archipel yang bermaksud Kepulauan Hindia Timur atau tanpa rujukan Timur itu untuk tanah jajahannya.  

Ketika istilah Nusantara yang diperkenalkan kembali itu sudah tidak digunakan orang untuk merujuk kepada satu politi untuk bangsa yang baru, istilah ini tetaplah diperguna oleh orang Indonesia untuk merujuk kepada negara mereka. Dinamika politik menjelang berakhirnya Perang Pasifik (1945) itu memunculkan wacana wilayah Indonesia Raya yang turut mencakupi rantau British Malaya (Semenanjung Tanah Melayu) dan British Borneo (Borneo Utara). Istilah ini turut terkenal di Semenanjung Tanah Melayu berikutan semangat latar belakang jati Melayu dalam kalangan penduduk kepulauan yang berbahasa Melayu dengan Semenanjung Tanah Melayu. 

Pada waktu kemunculan negara baru Malaysia pada 1957, semangat kebersamaan bawah istilah "Nusantara" ini bertukar menjadi permusuhan yang bersifat politik pula di Republik Indonesia berikutan konfrontasi Indonesia-Malaysia oleh Presiden Soekarno. Ketika berakhirnya permusuhan ini, pengertian kata Nusantara ini masih lagi mempunyai maksud serumpun dan dijadikan bahan politik oleh parti Melayu Bersatu di Semenanjung Malaysia. Semenjak itu, maksud istilah Nusantara ini bertindihan pula dengan rujukan Kepulauan Melayu.